当部署は、市の機関ですが、特別会計で事業を行っています。この場合、法人番号は個別に指定されるのでしょうか。

　法人番号は、１法人に対し一つの番号のみ指定され、地方公共団体についても同様です。そのため、地方公共団体を構成する機関や下部組織、部局、出先機関には、法人番号は指定されません。
　したがいまして、給与の支払いなどがあり、法定調書へ法人番号を記載する際には、市の法人番号を記載してください。
　なお、公立の病院や学校、教育委員会などについても同様です。